新院是庄园最精华的部分，11孔窑洞建造在9条形似飞龙的土梁上，形成长达80多米的建筑群。建筑风格充分融合了西式、日式、中式建筑的优点，中间三孔采用哥特式尖顶设计，两侧分别配置中式与日式窑洞，整体呈“山”字形布局，寓意家业稳如泰山。窑檐下原计划安装八个石雕龙头，细节处尽显文化考量。建筑功能上更是匠心独运：暗道取暖、三通纳凉、垛口防御，将实用性与艺术性完美结合。
　　位于最高处的依仁堂，为马氏庄园中历史最悠久的传统窑洞四合院代表，坐落在三面环山、形似“龙头凤尾”的风水宝地，是陕北地区唯一保存完好的家族宗祠与讲堂，二进院落的布局彰显着传统礼制秩序，与下方中西合璧的“新院”以及最下层的老院形成鲜明对比，共同构成马氏庄园“山上古堡、山下村落”的独特景观。这种将居住、教育、祭祀功能融为一体的庄园规划，反映了中国传统社会“修身齐家”的理想追求。
　　1947年11月至1948年3月，马氏庄园迎来了其历史上最辉煌的篇章。毛泽东、周恩来等率领代号“亚洲部”的中共中央机关在此驻扎122天，创造了转战陕北期间居住时间最长、条件最好的记录。美国加州大学教授克瑞斯特曾评价：“我访问过几十个有窑洞的国家，毛泽东主席故居（即杨家沟）是首屈一指的。”马醒民将耗费巨资建造的庄园无偿献给共产党使用，这一慷慨之举被后人赞为“黄土高原上的陕北人豪迈无私的伟大品质”。
　　在这片窑洞院落里，中国共产党召开了著名的“十二月会议”，毛泽东发表了《目前形势和我们的任务》报告，会议召开后，在毛泽东为中共中央起草的1948年1月18日发表的《关于目前党的政策中的几个重要问题》中，“中华人民共和国”的国名首次提出并使用。