五月二十三日，玄奘设斋供众，将生前所有财物布施一空，他对所有在场的弟子说：“我这毒身我已经厌恶了。我在世间应该做的事也已经做完了。既然不能久住尘世，那么就让我速速归去吧！希望用所修的福慧回施众生。我发愿，能跟大家一起往生到弥勒菩萨身边去侍奉他。等弥勒菩萨下生时，随他下生，广做佛事，以成就天上菩提。”
　　二月三日，玉华宫上奏朝廷曰：“法师因损足得病。”二月四日深夜，前来探病的明藏禅师，问道：“法师是不是已决定得生到弥勒佛净土？”
　　“得生！”这是舌吐莲花，译经无数的一代高僧玄奘，留给这个世界的最后两个字。
　　此后，玄奘便不饮不食，祥怡寂然。明藏法师轻轻拈取新棉细丝，小心翼翼地伸到玄奘鼻孔下观察，几乎看不出一丝动静。
　　二月五日半夜，汉传佛教的伟大奠基者之一，一代高僧玄奘，安然告辞人间，圆寂于玉华寺肃成院。享年64岁。
　　大师离去，举国悲戚。高宗李治接到噩耗的第一刻，大放悲声，说：“朕失国宝矣！”他不胜悲痛，以至于罢朝数日。嗣后连发两册诏书，安抚寺院，处理善事。
　　李治皇帝亲自安排了玄奘的葬礼。玄奘的遗体运抵长安，暂时安置在慈恩寺的译经堂。他所翻译的经书，也全部交付慈恩寺保存。《三藏法师传》记载，遗体停留慈恩寺期间，长安城的僧侣及百姓前来吊唁，每天达数千之众。而他的葬礼，前来送行者竟达100多万人，大家齐聚白鹿原为大师送上最后一程，长安城因此成为一座空城。
　　根据玄奘的遗愿，他的遗体被安置在长安城东边，位于灞上的白鹿原（那时叫狄寨原）。白鹿原地势较高，距离长安城又很近。据说，唐高宗从皇宫的高处，因望见玄奘的坟墓而经常伤心。5年之后，高诏皇帝下降，将玄奘的遗体迁葬于长安南边的樊川。
　　樊川地面秦岭的一条山腿上，向阳一面有一座寺院，叫兴教寺，亦是大唐王朝的护国寺之一，所以又称护国兴教寺。“兴教”二字一说系唐太宗所题，一说系唐高宗所题。玄奘就静静地头枕青山，脚踩灞水，安息在那里。玄奘的玄利塔在院子中央，在玄奘塔的两侧，埋着他的两大弟子——窥基和圆侧，他们是玄奘衣钵的传人。
　　在中国佛教史上，玄奘是继往开来，承前启后的一代宗师。他不仅翻译了规模庞大的经书，而且创立了著名的法相宗（即空宗）。
　　玄奘圆寂后，法相宗分别由窥基和圆侧发扬光大。窥基是西域“于阗国”王室的后裔，而圆窥是朝鲜半岛“新罗国”国王的孙子。今天，在朝鲜半岛和日本等地，法相宗仍然是非常重要的佛教流派。
　　而在玉华宫肃成院对面的山谷间，至今还成长着两棵高大的菩提树，据说，这是玄奘当年从印度带回来的菩提树籽，在这里种植而成。而在经堂中，有一处佛足印，据说是玄奘从当年释祖寂灭之地，拓印下这佛足印，然后复制成雕刻安放在这里的。玄奘圆寂时，端坐的身子就恭向着这佛足印。
　　第一百零六颗念珠。三朵云冉冉升起，借助风势，在空中排开，漂移，最后在天空的中央相遇。这是伟大的相遇，自此你中有我，我中有你，天降甘霖，为赤县神州带来一场倾盆大雨。这大雨润物无声，进入这个东方文明板块的每一个角落，渗透到社会的最微小的细胞——每一个家庭中。
　　“大云出山，润及万物。明月在水，了无点尘。”这是镌刻在太湖边上一块风景石上的话。偏安一隅的大宋王朝，它的都城临安就在左近。
　　儒释道三教合流，在大宋王朝时代得到最后的完成，或者换言之叫彻底的完成。这是三大教派妥协的结果，彼此包容和相互吸收的结果，为自身立足、生存、发展而必须采取的结果。三教合流，老子像、孔子像、释迦牟尼像，他们甚至被供奉于同一座神庙，共同承担起辅佐皇权的使命，立戒立规、教化众生的使命，佑护万千生灵的使命。